2x01 - The Siege III.
A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevû csatahajó, amelynek segítségével megelõzõ támadásra indulnak Atlantisz védõi. Közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át, mely alapvetõen megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fûzõdõ kapcsolatát.
2x02 - The Intruder
A csapat visszafelé tart a Földrõl Atlantisz felé, amikor a hajójuk irányíthatatlanná kezd válni.
2x03 - Runner
Az egyik kutatócsapat Ford nyomaira bukkan, akit egykori társai próbálnak megnyugtatni és hazahívni. Fogságba ejti õket azonban egy Ronan Dex nevû férfi, aki ugyanezen a bolygón rejtõzködött el.
2x04 - Duet
Egy Wraith támadás után McKay nem teljesen önmaga, mert a testét meg kell osztania egy kollegájáva. A furcsa viselkedése miatt bolondnak tartják.
2x05 - Condemned
Sheppardék egy vad civilizáció elõl menekülve egy fejlett városba jutnak, amelyrõl kiderül, hogy politikai tárgyalásokat folytat a Wraith-szel.
2x06 - Trinity
McKay megpróbál tökéletesíteni egy olyan Õs energiatermelõ technológiát, mely hamarosan nem várt fordulatot vesz. Teyla és Ronan egy Belkan nevû kereskedõcsoportot látogat meg, ahol megtudják, hogy a férfi világának vannak túlélõi és közöttük van egykori mestere is.
2x07 - Instinct
A csapat egy elzárt világ lakóinak kérésére Wraith utáni hajtóvadászatba kezd. Megdöbbenve veszik tudomásul, hogy egy fiatal Wraith lány együtt él egy apjának tartott emberrel, aki a speciális fõzetének köszönhetõen mesterségesen el tudja nyomni az éhséget. Dr. Beckett megpróbálja a kivonat titkát felfedni.
2x08 - Conversion
Dr. Beckett retrovírusa miatt Sheppard egy furcsa átalakuláson megy keresztül.
2x09 - Aurora
Lefagyasztott Õsöket találnak Sheppardék, akikkel megpróbálják felvenni a kapcsolatot.
2x10 - The Lost Boys
Ford egy különleges csoport vezetõjeként visszatér, hogy egy kaptárhajó elleni támadáshoz segítséget kérjen Atlantisztól.
2x11 - The Hive
Sheppard fogságba esik a Wraith hajóban, miután Ford terve nem úgy sül el, ahogy szerették volna.
2x12 - Epiphany
Sheppard idõtorzulás miatt közel egy évig magára marad egy olyan bolygón, amelynek lakói Õsök.
2x13 - Critical Mass
A várost megtámadja egy Goa’uld, aki egy bombát helyez el az egyik épületben.
2x14 - Grace Under Pressure
McKay a tenger mélyén találja magát egy Puddle Jumperben, ahol Sam Carter érkezik a segítségére.
2x15 - The Tower
Az egyik civilizáció egy fejlett Õs szerkezetnek köszönhetõen sértetlenül vészelte át az elmúlt évszázadokat, de az uralkodói házban kitört viszályban Sheppard csapatának kellene döntést hoznia.
2x16 - The Long Goodbye
Weir és Sheppard fenyegetést jelentenek a városra, amikor egy idegen életforma veszi át testük felett az irányítást.
2x17 - Coup d'Etat
A Genii újra felbukkan és zsarolással jármûveket akarnak szerezni egy nagyszabású Wraith elleni akcióhoz.
2x18 - Michael
Egy fiatal amnéziás katona fokozatosan visszaemlékezik a múltjára és megdöbbenve veszi tudomásul, hogy valójában egy Wraith.
2x19 - Inferno
A csapat egy olyan világba látogat, amely éppen megsemmisül egy vulkán miatt.
2x20 - Allies
Michael és egy Wraith királynõ meglepõ ajánlatot tesz a város vezetésének, ha segítenek emberekké alakítani ellenfeleiket Dr. Beckett retrovírusával.

Súgó














